Die Sammlung der Münchener Secession besteht aus Werken ihrer Mitglieder seit der Gründung und wird ständig durch neue Ankäufe erweitert.

Die meisten Werke der Malerei und Bildhauerei werden vom Lenbachhaus in München betreut und sind zum Teil in der ständigen Sammlung ausgestellt.
Zeichnungen und Grafik befinden sich in der Staatlichen Graphischen Sammlung München.

Zwei Sammlungsblöcke befinden sich zurzeit als Dauerleihgaben in der Gemäldegalerie Dachau und in der Hanns-Seidel-Stiftung, Kloster Banz.